脑窝疼可能是精神心理因素、病毒感染、脑供血不足等原因引起的，可根据不同的原因给予针对性治疗。
1、精神心理因素
如果长期出现紧张、焦虑、睡眠不足、精神压力大等情况，可使头皮肌肉收缩，进而引发紧张性头痛，头痛可累及后脑勺处的神经，导致脑窝疼。患者通常可以遵医嘱使用丁螺环酮等药物进行治疗，具有抗焦虑，改善睡眠的作用，从而改善脑窝疼的症状。
2、病毒感染
病毒感染可导致枕部神经痛，会出现脑窝疼痛的症状。患者一般可以遵医嘱使用利巴韦林药物进行治疗，这是一种广谱的抗病毒药，主要通过抑制多种DNA病毒和RNA病毒复制，而起到抗病毒的作用，从而改善脑窝疼痛的症状。
3、脑供血不足
脑供血不足是指由脑部血管痉挛或动脉硬化等原因，导致脑部缺血，临床可表现为头晕、头痛、行走不稳等。患者可遵医嘱口服阿司匹林、硫酸氢氯吡格雷，华法林等药物来治疗。
颅内血管疾病也可以引起脑窝疼，脑窝疼还可能为其它疾病所引起，建议患者及时就医，根据具体的病因严格遵医嘱用药，不可擅自盲目服用，以免发生不良的后果。