经颅磁治疗仪一般无明显副作用，少数患者会出现头晕、恶心等不良反应，通过适当休息即可逐渐缓解。若患者自我调理后不适的症状仍然较重，得不到缓解时应及时就诊，在医生的指导下进行相关的治疗。
经颅磁刺激是一种无痛、无创的治疗方法，可以用于治疗精神分裂症、抑郁症、强迫症，还可以用于治疗帕金森病、癫痫、脊髓损伤、脑卒中后遗症、神经性疼痛等疾病。部分患者在应用经颅磁治疗仪的刺激治疗后，会出现大脑轻微不适的症状，刺激强度过大也可能会引起头痛、头晕等症状，一般可通过适当休息来恢复，无需进行特殊的治疗。这也并不会导致脑细胞的损伤，该治疗方法相对安全，不良反应较少，患者不必过度担心。
但需注意经颅磁治疗仪会有比较强的辐射，患者在治疗后，需要保持良好的休息，若日常不加以护理，易引起中风等疾病，对患者的身体和大脑都是有损害的。在生活中还可以多吃健康营养的蔬菜，保持良好的生活作息，多出门晒太阳，这样可以减少身体内部的辐射，保持身体健康的状态。