牙根深处肿痛，多考虑是牙结石造成的，也不排除是牙周脓肿、根尖周炎等原因引起的，可以根据病因进行针对性的治疗。
1、牙结石
可能与长期吸烟以及不注意个人的口腔卫生有关，一般可以通过超声波洗牙的方式进行改善，同时还要注意口腔卫生。
2、牙周脓肿
可能是受到病原体的感染所造成的疾病，患者可以在医生的指导下服用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等抗生素药物进行治疗，严重时还可以通过脓肿切开引流手术的方式进行改善。
3、根尖周炎
通常是发生在牙根尖周围的炎症性疾病，一般可以通过根管手术、牙髓血运重建术等方式进行治疗，也可以通过激光的方式进行改善。
除了上述常见的病因以外，还可能是急性牙髓炎等原因造成的，建议应及时到正规医院进行检查并治疗。