马钱子有毒，并且毒性是比较强的，使用不当，很可能会出现中毒的情况，甚至会危及患者的生命安全。
马钱子中主要含有番木鳖碱、马钱子碱等多种生物碱。尤其是番木鳖碱和马钱子碱，都有很高的毒性，会给患者的神经系统造成一定的损害。如果出现中毒的情况，轻微中毒者会出现口干、头晕、头痛和胃肠道刺激症状，亦见心慌、恐惧、癫痫样发作等症状。严重中毒者可发生咽下困难，全身不安等，随后出现强直性惊厥，并反复发作，患者可因窒息而死亡。马钱子内服不宜生用及多服久服。本品所含有毒成分能被皮肤吸收，故外用亦不宜大面积涂敷。孕妇禁用，体虚者忌用。
所以，马钱子的使用要在医生的指导下进行。