跑完步眼睛疼多考虑跟剧烈运动、异物刺激导致，但不排除是细菌性结膜炎等原因引起的，需要根据病因积极的进行治疗。
1、剧烈运动
长时间的进行剧烈运动之后，可能会导致血液循环不畅，容易出现供血、供氧量不足的情况，可能会导致视力模糊、眼部干涩、疼痛等。休息一段时间后能够有所缓解。
2、异物刺激
跑步过程中可能有灰尘、毛屑等异物进入眼睛，引起眼部刺痛、流泪等症状。建议使用清水冲洗，也可以遵医嘱使用珍珠明目滴眼液、复方熊胆滴眼液等药物进行治疗。
3、细菌性结膜炎
结膜受到细菌等致病菌的入侵之后，容易引发炎症反应，通常会导致白眼球发红、瘙痒、疼痛等。可以在医生的指导下使用盐酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素地塞米松滴眼液等药物进行治疗。
除了上述原因外，还有可能是青光眼、干眼症等原因引起的，建议及时就诊。