抗生素眼药水在医生的指导下使用一般是不会对眼睛有伤害的，但是如果长期盲目使用可能会对眼睛造成伤害，建议咨询医生了解。
抗生素眼药水主要是用于治疗结膜炎等细菌感染引起的眼部疾病，常用的药物有盐酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等。患者如果在医生的指导下使用该药物，一般是不会对身体造成伤害的，同时还可以促进疾病的恢复。但是患者如果长期盲目使用该药物，药物中的某些成分可能会对眼部造成刺激，同时还可能会出现继发性感染等情况，不利于疾病的治疗，甚至会加重疾病的发展。
在平时要养成良好的生活习惯，注意眼部卫生，遵医嘱用药治疗，合理饮食，以清淡的食物为主，如有异常的症状，建议及早去医院的眼科进行检查，并采取合适的方式进行治疗。