单个眼睛疼伴随头疼多考虑是神经性头痛引起的，但也不排除是偏头痛、青光眼等疾病导致的，建议及时就诊并针对原因治疗。
1、神经性头痛
患有该疾病通常与精神压力大有关，还可能是长期吸烟酗酒、不良的作息习惯导致的，进而会出现脑神经功能紊乱、血管收缩功能障碍等情况，在临床通常会出现头痛等症状，建议在医生的指导下服用盐酸氟桂利嗪片、布洛芬缓释胶囊等药物进行缓解，同时可通过心理疗法等方式治疗。
2、偏头痛
通常偏头痛基本病因是家族遗传史，会出现脑血管收缩异常导致脑功能受到影响，在临床通常会出现头部一侧不适、眼痛的情况，建议在医生的指导下服用对乙酰氨基酚片、阿司匹林泡腾片等药物治疗，同时养成良好的生活习惯。
3、青光眼
青光眼可能是先天性因素引起的，还可能是出现眼部炎症或眼部损伤导致的，进而会出现病理性高眼压的情况，常见的症状有头痛、眼痛等。建议在医生的指导下使用硝酸毛果芸香碱滴眼液、马来酸噻吗洛尔滴眼液等药物进行治疗，也可前往医院，在医生的安排下通过滤过性手术、小梁切除术等手术方式治疗。
除了上述原因以外，还可能是患有角膜溃疡、痛性眼肌麻痹等疾病，建议定时前往医院检查并治疗。