一般情况下，女性衣原体感染不可以自愈。
衣原体一般会通过性传播进入人体，一般在感染后2-3周会出现症状，常见症状有渗液、轻微疼痛等。女性感染衣原体后容易引起附件炎、盆腔炎、输卵管炎等，如果不进行治疗，慢性炎症会继续深入感染，引起双侧的输卵管堵塞，导致不孕症。如果是孕妇感染衣原体，严重时还可能造成流产、死产、异位妊娠等情况。所以，女性衣原体感染一般不能自愈，需要及时进行治疗。
建议患者在日常生活中要注意个人清洁卫生，保证私密部位的清洁干燥，勤洗澡并及时更换、消毒内衣裤等。另外，不建议去公共浴池洗浴，也不要与人共用私人物品，如浴盆、毛巾等，以免增加感染的风险。