肾小管萎缩多数不能自愈，极少数短暂的肾脏供血受到影响所致的肾小管萎缩，一旦补充体液或纠正血容量不足后即可恢复。
1、可以自愈
如果是大量失血或者脱水导致的肾小管萎缩性改变，及时输入血液或者补充体液，纠正血容量不足后即可逐渐自然恢复正常，达到自愈。而且急性梗阻性肾病也会诱发肾小管萎缩，但及时治疗急性梗阻性肾病，肾小管萎缩也可能会自愈。
2、可能无法自愈
肾小管萎缩如果是由慢性肾小球肾炎、先天性肾血管畸形、肾动脉狭窄等原因导致，自愈的可能性很小。建议患者尽快到医院做相关检查，明确引起的原因，然后接受医生的针对性治疗，尽快治疗可能会达到治愈的标准。
当检查有肾小管萎缩或有慢性肾病的患者，需要规范的药物治疗和休养，缓解肾小球硬化即可延缓肾小管萎缩和促进肾小管萎缩恢复。