晚上九点左右头疼可能是生理因素引起的，但也有可能是肌紧张性头痛、交感神经型颈椎病等原因造成的，患者可根据具体病因进行治疗。
1、生理因素
由于睡眠质量差、过度劳累或者精神压力大所导致晚上头疼的情况。可通过改善睡眠、调整心情等来进行缓解，一般不用进行特殊治疗。
2、肌紧张性头痛
肌紧张性头痛又称为肌收缩性头痛，是一种一过性障碍疾病，多与应激有关，又称为肌收缩性头痛，是一种最为常见的原发性头痛，可表现为头部紧束、受压或钝痛感。可遵医嘱服用布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚等药物进行治疗，能够缓解头痛症状。也可对头部和颈肩部肌肉进行推拿、按摩、针灸等治疗，可以缓解压力，改善紧张性头痛症状。
3、交感神经型颈椎病
交感神经型颈椎病是颈椎退变失稳后引起颈椎神经根刺激，颈反射受阻及颈椎交感神经受累产生的一系列症状群，其可合并颈源性头痛，可引起患者出现夜间头痛症状。若有疼痛症状时可以遵医嘱服用塞来昔布，配合肌松药如琥珀胆碱、活血化瘀药物如三七活血片等辅助治疗。早期可以进行热敷、按摩、针灸等物理治疗，促进局部血液循环，缓解肌肉痉挛。如果患者神经根或脊髓受压严重，要尽快进行手术治疗，以免产生严重后遗症。
除了以上原因外，脑膜炎等原因也可能会出现相应不适的症状，建议患者及时前往医院就诊，完善检查明确病因后，遵医嘱接受针对性的处理或治疗。