眼部扁平疣主要是由人乳头瘤病毒感染引起的，可配合医生给予局部用药、物理治疗、生活管理等方法去除。
扁平疣主要是由人乳头瘤病毒感染所致，且扁平疣具有一定的传染性。如果直接接触扁平疣患者的患处皮肤，或手摸长有扁平疣的皮肤，然后搔抓眼部皮肤也会引起眼部长扁平疣。此外，与患者共用毛巾、其他个人物品等也可感染扁平疣。
当眼部出现扁平疣时，可遵医嘱局部涂抹干扰素凝胶、水杨酸软膏进行治疗，可以抑制局部病毒增殖，同时还可以溶解局部角质，促进表皮脱落。此外，患者还可前往医院进行液氮冷冻的方式治疗，主要是对局部扁平疣局部点涂液氮，从而促使疣体坏死，达到脱落效果。建议平时应避免在患处挠抓，以免导致自身传染。而且在治疗期间应避免吃辛辣刺激的食物，以免刺激病情引发感染。
眼部皮肤较薄嫩，建议勿自行外用刺激性药物，应在医生指导下使用。若患者症状严重，或症状持续未见好转，应及时前往医院就诊治疗。