生理性卵巢囊肿一般是不会疼的，但是卵巢囊肿体积偏大，在运动锻炼的时候出现囊肿扭转破裂，可能会导致腹部有疼痛感。
生理性卵巢囊肿指生理情况下卵巢内形成了充满液体的囊性组织，其中包括滤泡囊肿和黄体囊肿，多发生在单侧卵巢内，常见于发生在排卵周期的育龄妇女，一般来说并没有什么特别的症状表现。如果生理性卵巢囊肿体积偏小，不会对身体健康造成影响，同时也不会伴随疼痛或者是异常的表现，一般可自行吸收。但如果生理性卵巢囊肿体积偏大，一般无法通过自行吸收，而且在进行剧烈体育锻炼时，有可能会出现卵巢扭转破裂，此时可能会出现腹部疼痛的情况。
检查出生理性卵巢囊肿时，需要定期去医院腹部B超检查，如果发现卵巢囊肿的体积比较大，或者出现逐步增大的情况，并且对卵巢功能造成了一定的影响，需要通过微创手术的方式来缓解症状。而且在日常生活中要多注意休息，短时间不要做剧烈的运动锻炼，注意饮食清淡，保持会阴部的清洁和卫生。