通常情况下，扁蓄没有什么副作用，但脾胃虚弱、阴虚患者慎服，此外对扁蓄过敏者应禁用。
萹蓄属中药材，其为蓼科植物萹蓄的干燥地上部分，味苦，性微寒，归膀胱经，具有利尿通淋，杀虫，止痒的功效。萹蓄遵医嘱服用一般是没有副作用的，其可以用于小便短赤、虫积腹痛等病症。也可适量煎洗，外用于治疗皮肤湿疹，湿疮，阴痒等病症。此外因本品苦寒，可伤脾胃，故脾胃虚弱、阴虚者慎用，以免加重脾胃损伤。少数过敏体质者可能会对扁蓄中的成分过敏，应避免使用。
本品作为中药材，应在医师的辨证指导下进行使用，不可盲目自行用药。如服药后症状未缓解，建议及时就医。