卵巢巧克力囊肿手术大多数情况只住院3-5天，但是具体住院时长与手术方式、患者体质、有无并发症等有关系，需要具体分析。
1、手术方式
腹腔镜手术创伤小，患者恢复时间短，住院时间也短，大概需要3-5天。开腹手术，创伤大，患者恢复时间较长，所以住院时间相对较长。同时，手术越复杂，如需同时切除部分肠管后行造瘘术，则恢复时间会更长。
2、患者体质
如果患者的自身体质较好，抵抗力较强，住院的时间也会随之缩短。如果患者体弱多病，身体素质差，住院时间会相对较长。
3、有无并发症
如果做完手术后没有发生并发症如感染、发热、肠粘连等，住院时间就会短。如果患者发生了严重的并发症，那么住院时间就会变长。
如果女性确诊为卵巢巧克力囊肿，建议到医院进行检查，医生会根据每个患者身体的情况，以及手术之后恢复的情况来决定的具体的住院时间。