孕囊低有褐色分泌物可能是先兆流产、异位妊娠、葡萄胎造成的，具体治疗方法需要根据不同病因进行综合分析。
1、先兆流产
先兆流产是由于孕妇体内的孕酮含量不足，造成孕囊发育不良，导致阴道出血，阴道流出褐色分泌物。如果有褐色分泌物的同时还出现腹痛的症状，则可能是先兆流产的情况。出现先兆流产时需要使用药物来保胎，可以在医生的指导下服用孕酮，也可以遵医嘱注射绒毛膜促性腺激素使身体中分泌更多的孕酮激素，从而起到保胎的作用。出现先兆流产的症状时，孕妇要注意卧床休息，减少活动量，积极地配合医生进行相关的治疗。
2、异位妊娠
异位妊娠是受精卵结合后在子宫外部着床而造成的，因此在经过B超照射后就会看不到孕囊，受到绒毛膜促性腺激素的影响，患者常伴随下腹少量流血的情况，血液在与空气接触后就会氧化为褐色样分泌物。异位妊娠可通过保守治疗、手术治疗等方式进行处理。如果患者包块不是很明显， 并且血HCG不是很高，可以采取保守治疗，在医生的指导下注射甲氨蝶呤或服用米非司酮等药物进行治疗。如果患者的胚胎比较活跃，血HCG＞3000mIU/ml，包块比较大时，甚至存在腹腔出血的症状，就必须到医院采取手术来处理。
3、葡萄胎
孕初期出现葡萄胎，会导致胎儿死亡，因此在做检查时看不到孕囊，并且常常伴随腹痛、阴道出现褐色分泌物的症状。若是腹中的胎儿出现停育的情况，患者一定要及时去医院就医，通过清宫手术，将里面的胎儿清理干净，患者要是不及时将其取出，患者的生命就会受到影响，这是由于腹中胎儿停止发育之后，会使患者的凝血功能受到障碍所致的。当腹中胎儿被取出来之后，还需要继续给患者注射缩宫素，来帮助患者收缩子宫。
建议患者及时去医院遵医嘱做相关检查，明确病因后进行针对性的治疗，避免出现其它严重的不适。