脑CT显示有囊肿说明脑部存在囊性占位病变，比如垂体囊肿、松果体囊肿、蛛网膜囊肿等。
1、垂体囊肿
垂体囊肿大部分是先天性囊肿，属于良性病变，并没有任何的症状，只是在做CT或者做磁共振的时候偶然发现，也不用特殊治疗，但如果囊肿太大可能挤压垂体组织，引起垂体组织垂体激素分泌不足，此类患者可以通过手术治疗，清除病灶，恢复和维护垂体功能。
2、松果体囊肿
松果体位于间脑前丘和丘脑之间，松果体囊肿的病情早期、囊肿体积比较小，通常不会表现出任何异常表现，随着松果体囊肿病程的延长，其体积逐渐增长，会对周围脑组织造成压迫，导致患者出现颅内压增高、恶心呕吐、视力减退，在脑CT检查时能发现松果体处有囊肿的情况。此类患者通常可以使用放疗、伽玛刀治疗，或通过外科手术治疗。
3、蛛网膜囊肿
蛛网膜囊肿是脑或脊髓实质外囊性占位性病变，多是因为蛛网膜分裂异常导致，在CT检查时也会出现有囊肿的情况。此类患者可以在医生指导下使用苯妥英钠、抗生素等药物进行治疗，或通过开颅囊壁切除或囊肿开窗手术等手术治疗。
除上述常见原因外，脑CT显示有囊肿也可能是脑部肿瘤、结核等原因所引起，患者还需要及时完善相关检查，再进行下一步治疗。