茜草的禁忌主要包括对茜草过敏者禁用、孕妇慎用、脾胃虚寒者慎用，副作用主要包括腹痛、腹泻。
1、禁忌
使用茜草时不可和生冷、油腻、腥膻、辛辣刺激的食物及茶类同时服用，可能会影响茜草的药效。茜草根是寒性的药物，所以脾胃虚寒、阴虚火旺、精衰血少者慎用，无瘀滞者忌服，孕妇服用时要在医生指导下。不能与降血压的药物合用。
2、副作用
患者服用茜草根煎剂后，服用过量可能会出现较持久的恶心和轻度的血压升高、腹痛、腹泻等副作用。孕妇服用时要在医生指导下，否则容易导致流产。对于月经正常的女性，不建议盲目使用茜草，因为药性寒凉，避免造成寒气阻滞胞宫而出现痛经、经行不畅、月经量减少等不良反应。
如果患者服用后有不适症状，需由中医师辨证指导下，完善相关检查明确诊断，并需规范治疗，以免延误病情