长期凌晨三点起床对身体是否有危害，要结合自身健康情况和结合实际来判断。如按生物钟规律，并有充足的睡眠时长，通常没什么影响，如被外界吵醒或睡眠质量差，睡眠不足或失眠，长期以往的三点钟醒，会影像人体内分泌和神经系统，引起记忆力和抵抗力下降等危害。
1、正常情况
正常情况下，较少人群会有三点钟醒来的情况，如因特殊需要，在保持正常个人生物钟的前提下，有较好的睡眠质量和充足的睡眠时长，三点钟醒一般对人体不会产生什么影响。
2、偶然出现
如果偶然少次出现被外界因素打扰，导致三点钟醒来，如果能排除干扰因素，继续睡眠或白天补足一定的睡眠，大多也不会对人体产生危害。
3、长期失眠
如因长期失眠、经常性被外界干扰、睡眠质量差等因素影响，可能会造成人体内分泌系统和神经系统问题，如内分泌失调出现皮肤干燥，出现粉刺暗疮；记忆力下降出现健忘、头疼、头昏；抵抗力下降会诱发呼吸道、消化道等疾病，还可能会引起女性出现月经周期紊乱。
日常生活中，如存在因为睡眠不足或其他因素导致三点钟醒，建议及时就医检查，在医生的指导下规范治疗。