正常情况下，活体水蛭疗法会出现中毒、过敏、加重出血、诱发流产等副作用，禁忌出血者、贫血、女性月经期、孕妇、以及凝血功能障碍者禁用。由于水蛭具有一定的毒性，在使用时需要在医师的指导下进行，切忌擅自使用，以免危害身体。
活体水蛭疗法是利用饥饿的水蛭进行吸血的疗法，水蛭是一种动物类中药，该药物有小毒，性味咸、苦、平，主要归肝经，具有破血通经、逐瘀消瘀等功效。主要治疗血瘀导致的经闭、血瘀日久导致的癥瘕痞块、中风偏瘫、跌扑损伤等病症。活体水蛭疗法是利用饥饿的金边水蛭进行吸血，一方面利用水蛭的吸血、吮毒功能促进血液循环。另一方面利用水蛭在吸血时分泌出天然水蛭素，纤溶酶、透明质酸酶等三十多种生物活性物质，从而达到抗凝溶栓，疏通血管，改善血液循环，促进新陈代谢和通络等功能，从而达到活体疗法的作用。长时间使用容易导致患者出现皮肤红肿、瘙痒、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、出血等副作用。
水蛭会使人的凝血功能下降，一旦有出血症状，就很难止血。怀孕期间孕妇不能使用活体水蛭疗法，会导致流产。月经期间的女性可能会导致经期过度出血引起大出血，健康的人使用可能会引起皮肤过敏和出血。禁止过量使用，贫血患者容易导致血小板的凝聚时间延长，从而使贫血症状加剧。患者在出现不适后，一定要及时到医院进行诊疗。治疗期间患者要注意休息，不吃辛辣刺激性的食物，不吃肥甘厚腻的食物、不吃发物。