通常伊托必利和莫沙必利相比较，莫沙必利的副作用会小一点。但是两种药物都是会有一定副作用的，用药时需遵医嘱。
伊托必利是一种增强胃肠蠕动的药物，主要用于治疗功能性消化不良引起的各种症状，比如餐后饱胀、食欲不振、恶心等现象。在用药后可能会引起不良反应，比如偶尔出现腹泻、腹痛，严重时会引起肝功能异常。而莫沙必利为选择性5-羟色胺4受体激动药，服用后能够促进乙酰胆碱释放，促进胃肠动力，改善消化不良。在用药后可能会出现腹泻、腹痛、口干等症状。两种药物都会有副作用，但是相比较莫沙必利的副作用会小一点。在用药时需遵医嘱，根据不同的病因选择合适的药物治疗。
在用药期间要注意饮食清淡，不要吃辛辣刺激的食物，多吃蔬菜和水果。