早上起来喉咙有痰发黄很臭可能口腔感染、鼻窦炎、扁桃体结石等原因引起，需要针对不同原因选择不同的处理方式。
1、口腔感染
口腔感染可能是患者自身免疫力低下引起的细菌感染和真菌感染、病毒感染等所引起的口腔黏膜发炎。比较常见的是牙龈炎、口腔黏膜炎症等，均由厌氧菌感染所致，厌氧菌会导致口腔炎性分泌物增多，而且分泌物会有恶臭味。患者出现口腔感染，可以通过龈下刮治进行清洁牙龈，去除牙龈中藏匿的细菌，从而有效缓解症状。若患者出现口腔感染，也可遵医嘱通过服用药物进行治疗，如替硝唑片、奥硝唑片、克拉霉素片等。
2、鼻窦炎
鼻窦炎是鼻窦内的细菌感染所引起，比如金黄色葡萄球菌、链球菌等，会导致鼻窦黏膜分泌脓涕，临床主要表现为鼻塞、流脓涕、头疼等症状。当平躺时，脓涕会倒流至口腔和咽喉部，导致痰多、口臭等症状。患者可以用生理盐水冲洗鼻腔，配合鼻窦炎口服液、克拉霉素缓释片等药物治疗，症状比较严重的患者可能需要做鼻内镜下鼻窦开放术改善症状。
3、扁桃体结石
扁桃体结石是扁桃体上隐窝处，由于分泌物过多，而长期处于堵塞状态，这是不易溶解的钙镁等无机盐沉积，或进食后食物残留物在扁桃体的血口处而形成的结石。症状主要包括口臭、咽部异物感、咽部肿痛、咳嗽、吞咽困难、耳痛等。建议行手术治疗清理结石，平时配合漱口水漱口，注意口腔清洁。
另外，早上起来喉咙里面有黄痰，一般还考虑是细菌导致咽喉部的炎症，建议患者及时去医院检查，以免单位病情。