菟丝子的毒副作用目前尚不明确，但一般没有毒副作用。
菟丝子主要来源为旋花科菟丝子属植物菟丝子的成熟种子，味甘辛，性平，归肝、肾、脾经。菟丝子具有补益肝肾、固精缩尿、安胎、明目、止泻、消风祛斑的功效。可治疗肝肾不足、腰膝酸软、阳痿遗精、遗尿、胎动不安、目昏耳鸣、脾肾虚泻、白癜风等。菟丝子是一种无毒的中草药，而且其药性比较温和，菟丝子一般是没有明显毒副作用，但是菟丝子药性温热，对阳强、大便燥结、肾脏有火、阴虚火动的患者不适合服用，此类的患者服用后会加重病情。所以在使用这种中药材治疗时，也需要注意所使用的剂量，如果过量使用，可能会使患者出现大便干燥、口渴咽干等上火反应。
患者使用菟丝子治疗疾病时，应在医生辨证指导下用药，不可盲目自行使用，以免引起不良后果。