食管乳头瘤恶性概率不大，但也因人而异。
食管乳头瘤在临床上是属于一种很常见的良性病变，发病原因可能跟胃食管反流黏膜损伤、人乳头瘤病毒感染等有密切的联系，目前发病率比较低。如果肿瘤的体积比较小，可以选择激光的方法，除肿瘤，能够达到治疗目的，后期复发率比较低。在接受正规治疗的情况下，一般不会发生恶变。如果发病以后未及时接受治疗，随着时间推移，肿瘤体积就会慢慢增大，可能在一定的程度上会发生恶变。
当食管乳头瘤发生了恶变的倾向，对周边组织器官造成了损害，出现远处转移时，需要及时的进行食管癌根治手术。术后可能考虑选择放疗、化疗、靶向治疗。所以查出食管乳头瘤以后，患者需要积极配合医生接受治疗，可以降低恶变的风险。