冻胚移植第三天有褐色分泌物可能是胚胎着床、体内激素水平发生波动等原因引起的，也可能是存在先兆流产等迹象引起的，建议及时前往医院采取合理的治疗方法来改善病情。
1、胚胎着床
冻胚移植后第三天会随着时间的不断推移逐渐着床，在着床后子宫内膜可能会受到一定的刺激，会造成阴道少量出血。这属于正常的生理现象，不需要过分担心，但是要多注意个人卫生，随着时间的不断推移，可以去医院进行B超检查，了解胚胎的发育状况。
2、体内激素水平发生波动
冻胚移植后体内的雌性激素水平、孕激素水平可能会有所波动，会出现不同程度的身体不适症状，比如阴道排出分泌物、乏力、困倦等。这属于常见的孕后反应，可遵医嘱口服维生素类药物进行改善，比如维生素C片、维生素B12片等，也可以搭配叶酸片治疗。随着孕周的不断增加，可以适当的进行散步，增强免疫力。
3、先兆流产
如果在冻胚移植后体内的黄体酮不足，可能会引起先兆流产现象，导致阴道出现暗红色或者是血性白带，随着时间的不断推移，可能会引起下腹部位疼痛、腰部疼痛等现象，会对于身体健康造成影响。可以遵医嘱通过保胎的药物进行治疗，比如黄体酮胶囊、地屈孕酮片等，也可以吃些豆制品，保持良好的睡眠习惯，不要过度熬夜。
除此之外，冻胚移植第三天有褐色分泌物也可以考虑是存在妇科方面的疾病引起的，比如阴道炎、宫颈炎等，需要及时就医，积极治疗，以免导致影响胚胎的正常发育。