水呛到气管是否会自愈，需根据具体严重程度进行综合判断。
水属于流质性，如果在喝水比较急，或者是喝水的过程中大笑或者是情绪变化比较明显时，就有可能会出现水呛到气管的情况。只要呛水量不多，绝大部分情况是比较轻微的，甚至没有其它任何不适的症状，或者仅有轻微的咽喉不适、咽喉疼痛、轻微的咳嗽等症状，休息一段时间，大多患者可自愈，不会对人体产生明显的影响。但是如果喝水呛到气管，出现明显的剧烈咳嗽，或者伴有剧烈的咽喉疼痛的症状，此类患者一般不能自愈，需遵医嘱使用止痛药物来缓解，比如布洛芬、对乙酰氨基酚或者双氯芬酸钠等，同时可以做喉镜检查，明确咽喉部的具体情况。如果咽喉部充血、水肿明显，还需加用布地奈德雾化吸入治疗，缓解咽喉部的充血、水肿情况。
如果患者水呛到气管发生持续性咳嗽不能缓解时，这种情况就需要去医院做进一步的检查，在医生的指导下进行针对性治疗，以免导致病情加重。