咽口水鼻腔根部疼痛，考虑是慢性咽炎、慢性扁桃体炎、鼻炎等导致，可通过家庭护理、药物干预、手术等方式进行治疗。
1、慢性咽炎
慢性咽炎会对咽喉部位的黏膜造成反复性刺激，可能会导致咽喉部位疼痛、异物感，疼痛感可能还会放射至鼻根部位。可以在医生的指导下使用开喉剑喷雾剂、复方硼砂含漱液等药物进行改善治疗，并在日常生活中保持足够的饮水量，不要吃辛辣以及刺激性的食物，也有助于慢性咽炎的恢复。
2、慢性扁桃体炎
由于咽鼓管相通，如果扁桃体部位受慢性炎症反复刺激，也有可能会导致鼻腔根部疼痛、吞咽困难、口臭等症状发生。可遵医嘱服用盐酸左氧氟沙星片、阿莫西林胶囊等药物进行治疗，如果药物治疗无效，也可前往医院，通过扁桃体摘除术进行改善。
3、鼻炎
通常情况下，人体的各个器官都是相通的，如果本身存在鼻炎，会导致鼻腔黏膜充血，水肿，会诱发疼痛、鼻塞，流鼻涕等症状。如果没有及时治疗，炎症会逐渐向周围扩散，累及咽喉组织，引发疼痛症状。可以在医生的指导下使用药物治疗，比如阿莫西林胶囊、布地奈德吸入剂、丙酸氟替卡松等。
除上述常见原因外，还有可能是疱疹性咽峡炎、鼻咽癌等原因导致，建议及时就医。