13岁每天跑5公里多数情况下不会影响长高。
13岁属于未成年人，机体各器官发育可能尚不成熟，每天跑5公里可促进机体器官以及骨骼的新陈代谢，通常并不会影响到身高的正常生长，适当跑步还可提高机体的心肺功能，增加骨骼的柔韧度。由于13岁的未成年人骨垢线尚未闭合，身高还可持续生长，建议家长在日常生活中，适当给13岁未成年人多补充含蛋白质、含钙元素丰富的食物，如鱼虾、瘦肉、牛奶等，对于身高的生长有所帮助。
此外，13岁的未成年人在进行运动的时候，应选择循序渐进的方式进行，避免运动量突然暴增的情况出现，可防止对肌肉、韧带等组织损伤的情况发生。