怀孕初期见红几天能自然干净，需根据具体病因进行判断。怀孕初期见红很有可能与生理病因有关，但也可能与先兆流产、阴道出血病理因素有关。
1、生理性因素
怀孕初期着床出血是生理性原因。妊娠出血是指受精卵经输卵管进入子宫后，阴道流出浅红色或咖啡色血。通常发生在受孕后第7天左右，持续1-3天。着床出血通常没有特殊反应，不需特殊的处理。建议适当地休息，保持心情放松。
2、先兆流产
先兆流产是指妊娠28周前，指妊娠28周前出现少量阴道流血，无妊娠物排出。发病与胚胎因素、母体因素、父亲因素等有关。患者会出现少量的阴道流血、阵发性下腹痛或腰痛，先兆流产初期见红一般来说三到七天左右就会干净。症状较轻患者应解除思想顾虑，卧床休息，足够营养，避免引起子宫收缩的刺激因素；症状严重患者应及时去医院检查治疗，必要时应在医生的指导下使用保胎药物，如黄体酮、地屈孕酮片、保胎灵胶囊等。
3、宫外孕
宫外孕指受精卵在子宫体腔外着床发育，任何妨碍受精卵正常进入宫腔的因素都可引起异位妊娠。宫外孕会有停经、腹痛、阴道出血等症状表现。宫外孕以后，一般会在40天左右就会出现阴道不规则的出血。如果没有盆腹腔出血可用药保守治疗，药物一般包括米非司酮、氨甲蝶呤等。如果血的HCG数值高或包块比较大，可进行手术进行治疗，手术治疗包括患侧输卵管切除、输卵管开窗取胚术等。
出现怀孕初期见红的情况需及时就医，在医生的指导下去进行正确的处理。