高危39型阳性是指HPV39型阳性，属于高危型HPV感染，通常使用重组人干扰素α2a栓剂、HPV生物蛋白敷料、以及细胞毒剂等药物进行治疗。高危型HPV感染如果患者持续感染，可能会造成宫颈的癌前病变，需要及时给予药物进行治疗。
1、重组人干扰素α2a栓剂
重组人干扰素α2a栓剂就是干扰素制剂的一种类型，主要具有抗病毒、增强免疫力、抑制增生等症状。可通过干扰素同靶细胞表面干扰素受体结合，阻止病毒蛋白质合成，也能抑制病毒核酸复制。可用于治疗阴道病毒性感染导致的慢性宫颈炎、宫颈柱状上皮异位等疾病，以及对感染高危型HPV的治疗有较好的疗效。
2、HPV生物蛋白敷料
HPV生物蛋白敷料主要用于治疗生殖道高危型HPV感染，引起的低级别的宫颈病变的治疗。其主要作用是阻断生殖道的HPV感染，主要用于预防宫颈癌前病变及宫颈癌发生。还能改善阴道微环境，减轻阴道炎性反应，减轻阴道分泌物的量，有效改善阴道清洁度，降低阴道pH值。
3、细胞毒剂
细胞毒剂包括氟尿嘧啶、博来霉素等，氟尿嘧啶涂于皮肤损伤表面，疗效较好。博来霉素生理盐水溶液或2%普鲁卡因溶液作局部病损内注射，可治疗单个或数个寻常疣或跖疣，根据疣的大小每次注射相应剂量，疣损脱落。可有效治疗高危型HPV感染。
高危型HPV感染除使用药物进行治疗外，还要注意加强身体锻炼、增强自身抵抗力，日常生活中还要注意保持外阴的清洁、卫生。在治疗期间，尽量避免性生活的刺激，还可促使HPV及时转阴。