月经干净第三天一般可以做HPV检查。HPV检查一般是在月经干净后3～7天内检查为宜，需要避开月经周期，而且检查前3天内禁止同房。
HPV是一种DNA病毒，发病时会引起皮肤粘膜多种疣体或者乳头状瘤，并且某些型别的HPV还存在致癌性，而HPV检查主要能够检测出人体是否携带HPV，可以通过DNA检测法、HPV检测法、染色镜检法以及血清学试验等方式，进行来判断是否感染了HPV。HPV检查需要避开女性的月经周期，一般在月经结束后3～7天的时间做检查。如果有阴道流血会影响到正常检查，而且会加大检查后感染的风险。检查前3天应该避免阴道冲洗、阴道用药等，以免导致影响检查结果。
HPV的检查一般都是排查HPV感染，建议结合宫颈液基细胞学即TCT的检查，在专科医生指导下，综合分析判断。