黑痣疼痛多考虑是外伤引起的，也可能是感染、恶变等因素导致的，需要根据具体病因进行治疗。
1、外伤
如果皮肤出现了瘙痒的情况，用手抓挠的时候用力过大，可能会导致黑痣受到损伤，很容易出现疼痛的现象。患者可以通过毛巾冷敷的方法进行改善，如果局部皮肤有了轻微出血现象，可以在医生的指导下使用碘伏、双氧水等药物进行消毒。
2、感染
如果手上存在大量细菌，在用手抓挠皮肤的时候，细菌可能会通过伤口进入从而引起感染。患者可以到医院通过清创手术的方法进行改善，也可以遵医嘱使用夫西地酸乳膏、红霉素软膏等药物进行治疗。
3、恶变
长黑痣以后不及时治疗，当出现了恶变的情况时，不仅会出现疼痛的现象，还可能会导致黑痣颜色加深、体积变大等症状。患者需要及时通过手术切除的方法进行治疗，术后还需要遵医嘱使用紫杉醇注射液、顺铂注射液等药物进行辅助治疗。
可到医院通过体格检查、皮肤镜检查、影像学检查等方法进行诊断，并及时治疗。