抗菌药物常见的不良反应有过敏反应、毒性反应、二重感染等。抗菌药物主要用于各种感染性疾病的治疗，应在医生指导下使用。
1、过敏反应
抗菌药物进入人体后，部分患者可能会出现过敏反应，在用药过程中可能会出现药物热、皮疹、瘙痒、过敏性休克等不良反应。一般青霉素类药物，比较常出现过敏反应。
2、毒性反应
大多数抗菌药物会经肝脏、肾脏代谢，如果长期使用抗菌药物，可能会加重肾脏、肝脏代谢负担长此以往，可能会导致肾脏、肝脏毒性。
3、二重感染
高剂量、长时间使用抗菌药物，尤其是使用广谱抗菌药物抗生素时，当敏感菌被杀灭或者被抑制，其它不敏感的细菌就会趁机大量繁殖，引起二次感染。而且长期使用抗菌药物，还可能会出现耐药性，也容易出现二次感染。
抗菌药物还可能导致患者出现胃肠道反应，如恶心、呕吐、食欲下降等。应严格在医生的指导下用药，避免严重后果。