逍遥丸的服用方法主要是口服，一般建议每日早上或晚上服用。
口服以温水送服为宜，大蜜丸和小水丸的服用方法略有不同。大蜜丸可以嚼碎或切小块服用，浓缩丸一次多丸用温水送服。如果用于治疗月经不调，建议在来月经前一个星期开始服用，到月经开始停止。早上或晚上服主要是借助早晨阳气升腾的状态，提高逍遥丸纾解瘀积肝气的效果，晚上服用则是为了保证药效持续，以达到较好的治疗效果。如果使用逍遥丸治疗肝气不舒导致的月经不调，从月经开始前服用一个周期，可以使月经到来前肝气较为通畅，起到较好的治疗效果，同时还能避免月经期服药，导致药物作用引起月经过多，影响身体健康。
需要注意，逍遥丸服药期间忌食生冷、辛辣食物如西瓜、烧烤等，宜清淡饮食。月经量过多的女性不宜服用逍遥丸；过敏体质者慎用。