眼睛进了小飞虫后发红可能是结膜受损、细菌感染等因素引起的，建议患者可以根据不同的原因采取相应的处理措施。
1、结膜受损
眼睛进了小飞虫后，如果飞虫残留在眼内，可能会对结膜造成不同程度的损伤，从而引起眼睛充血的症状。建议患者可以使用生理盐水对眼睛进行清洗，将飞虫冲出眼睛。对于结膜损伤较轻微的患者，一般不需要进行特殊治疗，经过1-2周时间后，结膜可以自行修复。但对于损伤较严重的患者，则需要及时就医，通过手术的方式修补结膜组织。
2、细菌感染
由于小飞虫身上带有细菌，飞虫进入眼睛后可能会导致结膜受到细菌感染，引起结膜充血、疼痛、流泪、眼睛发红等症状。建议患者可遵医嘱使用妥布霉素滴眼液、那他霉素滴眼液等进行滴眼治疗。感染症状严重的患者，可以在医生指导下服用头孢地尼、阿莫西林等药物进行治疗。
除以上常见因素外，也可能是由于结膜炎等引起的，应及时到医院完善相关检查，明确原因，再进行针对性治疗。