眨眼时摩擦并且有疼痛感，通常是由于角膜异物引起，也可能是倒睫、眼结石等原因造成的。需要及时就医，明确病因后对症治疗。
1、角膜异物
眨眼的时候出现摩擦和疼痛感，通常是因为眼部角膜与眼皮之间发生摩擦，刺激局部病灶而造成的。当有角膜异物的时候，异物会擦伤角膜引起明显的疼痛感，需要将异物取出才能缓解症状。建议让专业的医生应用仪器将其取出，同时外出时还需做好眼部保护工作。
2、倒睫
倒睫的病因较多，不同年龄阶段的患者诱因存在差异，可能由于睑内翻、眼睑或眼缘部位出现瘢痕等因素所致。有倒睫的时候，睫毛也会随着眨眼运动擦伤角膜引起疼痛感，通常要将倒睫拔掉来缓解病情。可利用电解法破坏睫毛囊，睫毛脱落后不再生长，适用于少数和分散的倒睫。也可利用手术切除部分眼睑皮肤，解除倒睫对眼球的刺激，适用于倒睫同时伴有睑内翻或保守治疗无效的患者。注意上述措施均需由专业的医生进行。
3、眼结石
眼结石目前病因未完全明确，一般与病原微生物感染、眼部慢性炎症疾病、外界刺激等原因有关。眼结石会突出于结膜表面，也会随着眨眼运动擦伤角膜，出现摩擦以及疼痛感。可由医师局部麻醉进行手术剔除结石。术后需注意保持眼部洁净，避免过度用眼，必要时在医师指导下使用妥布霉素滴眼液、左氧氟沙星滴眼液等抗感染滴眼泪预防感染。
如果出现眨眼时摩擦疼，还有可能是结膜炎、角膜炎等疾病引起，应及时就诊，尽早明确病因进行治疗。