无痛胃镜和普通胃镜相对来说，无痛胃镜对身体伤害大。无痛胃镜和普通胃镜都是属于侵入性检查，无痛胃镜痛苦性小，普通胃镜痛苦性大，因为无痛胃镜是在麻醉状态下进行，但由于无痛胃镜需要麻醉，所以可能对身体的伤害会大一点。
胃镜是检查食管、胃部病变的主要检查方法，是将胃镜从口腔延伸到胃，医生可以在屏幕上看到相关的病变，从而作出诊断。无痛胃镜由于需要进行麻醉，所以检查风险会比普通胃镜更大，患者可能会发生麻醉药过敏，或者由于麻醉药引起呼吸抑制而出现窒息，甚至心率减慢、血压下降等麻醉意外，所以才需要麻醉师全程对呼吸、心率和血压进行监护下完成，相对无痛胃镜可能对身体伤害更大。
普通胃镜和无痛胃镜各有利弊，需要被检查者根据自身实际情况进行选择。胃镜对身体会有一定的损伤，建议检查完后要多休息，不要过度劳累，要保证充足的睡眠，避免熬夜，以免影响恢复。