早上起来肠道不舒服，可能是饮食不当、腹部受凉引起，也可能与胃肠功能紊乱等原因有关。需要根据具体原因做出针对性的治疗。
1、饮食不当
如果患者前一天晚上进食过多油腻或辛辣刺激性的食物，如炸鸡、洋葱等，可能会刺激肠道，从而在早上起床后出现感觉肠道不舒服的症状，可能还会伴有腹痛、恶心等不适症状。建议患者此时适当走动，可以促进肠道蠕动，使食物尽快被消化吸收。此外，也可以使用热水袋热敷腹部或顺时针按摩腹部，也可以改善肠道不舒服的症状。
2、腹部受凉
如果夜间睡觉时没有做好腹部的保暖措施，可能会导致腹部受凉，从而在早上起床后出现肠道不适，而且有可能会出现腹泻、腹部咕噜响的情况。建议患者多喝温热的水，有利于促进血液循环，从而改善症状。此外，还可以适当进行腹部热敷，缓解肠道不舒服的现象。
3、胃肠功能紊乱
如果患者本身存在胃肠功能紊乱的情况，在早上起床后，如果病情发作，便会出现肠道感觉异常的情况，同时还会伴有腹痛、腹泻、反酸等不适症状。可以在医生的指导下口服改善肠道菌群的药物治疗，比如枯草杆菌二联活菌颗粒、双歧杆菌四联活菌片等。此外，也可以通过中医推拿、针灸等方式缓解症状。
早上醒来肠道不舒服也可能与慢性肠炎、慢性胃炎等原因有关，建议患者根据具体情况，通过口服药物的方式及时治疗。