发烧一般指发热，发热39℃退热后头疼，很可能是身体疲劳导致的，也可能是体内的病毒、细菌没有完全清除或感冒等原因导致的。
1、身体疲劳
当患者存在身体发热的情况时，可能会伴随着头晕、全身乏力等症状，因此导致睡眠质量差，出现身体疲劳的情况。在退热之后，如果没有及时得到休息，可能会导致头疼。此时通过充足的睡眠一般可以使症状缓解，也可以通过推拿的方式缓解疼痛。
2、病毒细菌没有完全清除
出现发热的情况一般与体内细菌或病毒的感染有关，在体温下降之后，如果体内的细菌或病毒没有完全清除干净，可能会对机体造成刺激，从而出现头疼的现象。如果是细菌感染，可以遵医嘱口服阿莫西林胶囊、头孢克肟颗粒等抗生素类药物治疗。如果与病毒感染有关，可以遵医嘱口服阿昔洛韦片、伐昔洛韦片等药物治疗。
3、感冒
如果在发热期间伴随着感冒的情况，体温退下之后，感冒如果没有好转，也可能会出现头疼的现象。建议在医生的指导下口服双黄连口服液、连花清瘟胶囊等治疗感冒的药物治疗。而且在治疗过程中也需要多喝水，促进身体的新陈代谢有利于恢复。
如果患者出现脑血管疾病，或在发热期间头部受凉，也可能会在退热之后出现头疼的现象。建议患者及时去医院就诊，需要在医生的指导下及时治疗。