揉眼后眼睛疼，考虑是用眼过度、结膜炎、沙眼等原因所造成，需要根据不同原因采取对应治疗措施。
1、用眼过度
如果长时间用眼过度，会导致眼睛处于疲劳状态，从而引起眼睛充血、水肿等症状，用手揉眼之后会对局部造成压迫，导致疼痛。通过适当休息，症状会逐渐缓解。也可以遵医嘱使用萘敏维滴眼液、羧甲基纤维素钠滴眼液等药物缓解眼疲劳。
2、结膜炎
用手揉眼睛后会将手上的细菌或者病毒传染到眼内，引发结膜炎。眼部受到炎症刺激，会导致眼睛内部毛细血管扩张，引发充血、疼痛的症状。可以遵医嘱使用盐酸左氧氟沙星滴眼液、红霉素眼膏等药物进行治疗，还可以通过冷敷缓解疼痛症状。
3、沙眼
揉眼时可能会导致沙眼衣原体感染，诱发沙眼。主要表现为异物感、眼部疼痛等症状，还会伴随畏光、流泪等现象。确诊后需要遵医嘱使用磺胺醋酰钠滴眼液、氧氟沙星滴眼液等药物进行治疗，必要时需口服抗生素进行治疗，如阿奇霉素、四环素等。
揉眼后眼睛疼也可能是角膜炎引起的，建议平时养成良好的卫生习惯，勤洗手，避免用手揉眼睛。