鸡内金一般不会引起便秘，但在不符合自身病情的情况下长期服用鸡内金是有一定危害的，如消化功能变差、腹痛、腹泻，需要引起重视。
鸡内金善化有形郁积，消食作用较强，又能健运脾胃，可用于多种食积不化之证，对脾虚食积者尤为多用，可单用研末服，或与六神曲为伍。若治食滞脾胃所致的疳证，症见不思乳食，面黄肌瘦，腹部膨胀，消化不良等，可与使君子、茯苓、谷精草等同用。鸡内金不但能消脾胃之积，尤善消化砂石，有化坚消石之功，可用于石淋涩痛，胆胀胁痛等。
鸡内金的不良反应及用药禁忌尚不明确，应用中药应辨证论治，请在医师的指导下应用中药，避免自行盲目用药。