头上毛囊炎引起的囊肿是否会自己消肿，需要根据病情的具体情况来确定。
毛囊炎是一种皮肤科常见的疾病，是因为高温、多汗、卫生条件差等原因引起毛囊细菌感染炎症。一般会出现疼痛、瘙痒、肿胀的症状，如果脓疱破裂，会出现白色或者黄色的分泌物流产。如果症状比较轻，抵抗力比较强的，不要自行抓痒、挑破脓疱，一般可以自己消肿。如果症状比较严重，可能自己无法消肿，建议在医生的指导下使用抗生素的药物，比如阿莫西林、头孢菌素等药物进行治疗，也可以使用涂抹药物，比如夫西地酸乳膏、莫匹罗星软膏等。
在日常生活中也要注意饮食清淡，戒烟戒酒。