右眼眨眼疼可能是眼睛疲劳、干眼症、结膜炎等原因引起的，可以根据引起的病因以及出现的症状进行对症治疗。
1、眼睛疲劳
如果长时间熬夜可能会引起眼睛过度疲劳，从而出现眼睛疼痛、肿胀、干涩等症状，也可能会出现右眼眨眼疼的情况。可以适当闭眼进行休息，也可以通过眼保健操的方式局部按摩进行改善。
2、干眼症
长时间佩戴隐形眼镜，可能会出现炎症反应引起感染，容易引起眼睛干燥、有异物、疼痛等症状。可以在医生的指导下使用更昔洛韦滴眼液、伐昔洛韦滴眼液等药物进行治疗，同时也可以使用毛巾局部热敷的方式进行缓解。
3、结膜炎
如果经常用手揉搓眼睛，可能会引起细菌、病毒感染，出现眼睛发痒、刺痛、分泌物增多的情况，眨眼时也可能会出现疼痛的现象。可以及时到正规医院的眼科，通过眼睑内翻矫正手术进行治疗，另外还要注意多休息，避免长时间看手机、电脑等电子产品。
除此之外，也可能与麦粒肿有关，可能会出现眼睛流泪、分泌物增多等症状，可以及时到医院进行相关检查并对症治疗。