早上醒来眼皮肿疼可能是过敏性结膜炎、角膜炎等原因引起的，可以根据引起的病因进行对症治疗。
1、过敏性结膜炎
如果接触花粉、粉尘等过敏原，可能会刺激眼睛引起过敏反应，从而出现眼睛瘙痒、红肿的情况，从而出现上述情况。可以在医生的指导下服用扑尔敏片、盐酸左西替利嗪片，也可使用眼药水来治疗，比如盐酸洛美沙星滴眼液、盐酸奥洛他定滴眼液等。以及应脱离过敏原，比如尘螨、花粉以及动物毛等，应保证所在的室内卫生清洁。
2、角膜炎
如果眼睛受到外伤，可能会出现炎症反应引起感染，从而出现眼睛疼痛、眼睑痉挛，甚至会出现早上醒来眼皮肿疼的情况。角膜炎患者可以通过改善生活方式、使用左氧氟沙星滴眼液等药物治疗，如果病情比较严重，可以及时前往正规医院的眼科通过眼睑畸形矫正手术进行治疗。
除此之外也有可能与急性结膜炎有关，通常会出现眼睛发红、有异物、流泪等不适现象。可以及时到正规医院，通过相关检查并对症治疗。