经常睡醒后头疼、眼睛疼可能和偏头痛有关，也可能是颅内动脉瘤的原因导致的。需要根据实际的病因，进行相对应的治疗。
1、偏头痛
遗传、长期生活压力大，可能会引发偏头痛，出现睡醒后头疼的现象。偏头痛多会伴有血管扩张，会导致颅内的血流量增加，从而引起眼压升高，出现眼睛疼的现象。患者可以遵医嘱服用布洛芬、对乙酰氨基酚等药物缓解疼痛。还可以通过按摩等方式缓解。
2、颅内动脉瘤
先天发育不良、动脉硬化、感染、创伤等原因可引起颅内动脉瘤，会出现睡醒后头疼的现象，随着瘤体的增大，还可能会引起眼睛疼。患者可以通过手术治疗缓解症状，如动脉瘤夹闭术、动脉瘤介入栓塞术等。