怀孕49天孕酮低怎么用药需要根据具体原因进行分析，如果孕酮只是食物摄入不足引起的稍轻微偏低，患者可不用服药，可以通过饮食调节；也可能是黄体功能差引起的，可以使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物进行治疗。
1、食物摄入不足
若是孕期饮食过于单一，营养物质摄入不足会出现孕酮偏低的情况。此时可以改变不良的饮食结构，注意饮食多元化，加强维生素以及蛋白质食物的摄入进行改善，比如苹果、猕猴桃、牛奶、鸡蛋等。
2、黄体功能差
黄体酮胶囊主要成分是黄体酮，可以用于先兆流产、习惯性流产等疾病的治疗，若是怀孕49天孕酮低是黄体功能不全引起的，也可以服用此药物进行改善，能够有效缓解病情。地屈孕酮片主要用于治疗体内孕酮不足，也能够改善孕期孕酮低的情况。
需要注意用药需严格遵医嘱进行。