孕16周有咖啡色分泌物，可能是先兆流产造成的，也可能是异位妊娠导致的。
1、先兆流产
如果女性自身黄体功能不足或腹部受到外力撞击以后，可能会导致出现先兆流产，出现腹部疼痛、阴道咖啡色分泌物的现象。此时可以在医生的指导下服用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物进行保胎治疗。同时还要注意卧床休息，避免重体力劳动。如果无法保胎，要及时终止妊娠。
2、异位妊娠
如果女性先天输卵管堵塞或子宫发育畸形，可能会导致受精卵无法在宫腔内着床，形成异位妊娠。随着受精卵体积的增大，可能会出现输卵管破裂等情况，引发上述症状。需要及时到医院，完善检查，根据具体情况，通过药物治疗或者是单侧输卵管切除手术等方式进行治疗。