孕40天有少量的褐色分泌物考虑是先兆流产、阴道炎等引起，患者应及时到医院的妇产科明确病因，针对性治疗。
1、先兆流产
如果出现了先兆流产的情况，不仅会引起孕40天有少量褐色分泌物的现象，而且还可能会伴随腹痛的症状。可以先采取卧床休息的方法进行改善，必要时可以在医生的指导下，合理的使用黄体酮胶囊、保胎丸等药物进行保胎治疗。
2、阴道炎
怀孕以后如果不注意个人卫生，导致阴道部位受到细菌感染引发阴道炎，可能会出现孕40天有少量褐色分泌物的现象，如果没有伴随腹痛等其他症状，可以通过使用温水清洗的方法进行改善，因为孕妇正处于特殊时期，不建议使用药物进行治疗。