骨折畸形愈合三个月后出现半夜难受清醒的情况通常是正常的。
骨折的患者晚上局部可能会出现比较疼痛的情况，这是晚上骨头愈合导致的疼痛。或者是身体的压迫，导致血液循环减慢，进而导致骨折部位出现血瘀，进而加重疼痛的感觉，使得患者出现难受且清醒的情况。除此之外，因骨折后所造成的精神压力较大、心情郁结等心理方面也会导致夜间人静时感官较为敏感，使得夜间出现比较难受从而清醒的情况。可在医生的指导下可使用依托考昔片、塞来昔布胶囊等非甾体类消炎止痛药来缓解疼痛的症状，从而改善睡眠质量。
建议患者在愈合期间不要吃辛辣刺激的食物，以免对伤口造成刺激，影响恢复。