窦性心律不齐是否有影响，需要根据病因进行判断，常见病因有生理性现象、药物因素、先天性心脏病等。
1、生理性现象
如果患者是三岁以上的儿童，在睡眠中可出现心率减慢，窦性心律不齐的现象，一般运动清醒时，心律可转变为整齐，属于正常的生理性现象。另外，青年人群处于生理状态，其窦房结节律不规律，可发生窦性心律不齐的现象，属于正常的生理性现象。所以该类人群窦性心律不齐一般没有什么影响。
2、药物因素
如果患者由于某种疾病原因服用洋地黄类药物、β受体阻滞剂类药物时可能会引起窦性心律不齐。部分患者服用洋地黄类药物，可能会引起窦性心动过缓，患者可能出现胸闷、气促等症状，此时需要停药。部分患者服用β受体阻滞剂类药物时，可能会诱发支气管哮喘，这时也需要停药。
3、先天性心脏病
先天性心脏病多数是由于胚胎发育异常引起，由于房间隔缺损，室间隔缺损或其先天结构异常时，心脏心电活动会出现异常变化，引起窦性心律不齐，患者可能会出现心衰、心肌缺血等情况。此时需要积极治疗。