肠镜做了三个月肚子老是痛可能是饮食不佳、受到凉风刺激、肠胃炎等原因所引起的，可以通过一般治疗的方式进行改善，也可以通过药物进行治疗。肠镜属于一种肠道检查方式，通常是对患者的整个肠道进行全面检查，可以判断是否存在肠胃方面疾病。
1、饮食不佳
如果肠镜后三个月不注意饮食，经常摄入过多容易产气的食物，比如红薯、水萝卜等，可能会引起上述症状，同时还可能会造成腹胀。建议调整好不良的饮食习惯，以清淡流质食物为主。腹胀可遵医嘱使用多潘立酮、莫沙比利等缓解症状。
2、受到凉风刺激
不注意腹部的保暖可能会导致肠胃组织受到凉风刺激，会使肠道菌群发生紊乱，表现为上述症状，可能还会造成进食状态不佳。建议通过热水袋热敷的方式进行改善，也要避免穿露脐装。疼痛严重者可遵医嘱使用布洛芬等进行缓解。在日常中，建议保持良好的作息习惯，避免长时间熬夜。在进行肠镜检查前，也需要保持良好的情绪，不要给自己施加过大的压力。
3、肠胃炎
肠胃组织受到炎症刺激后没有及时有效的进行治疗，可能会造成恶心呕吐、腹部疼痛等症状。特别是在脐周、上腹部位疼痛会比较明显，建议要多加以重视。可以遵医嘱通过双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒等药物进行治疗，也可以搭配甲硝唑胶囊、硫酸庆大霉素颗粒等药物进行治疗。此外针灸治疗对腹痛、腹泻的症状改善有一定作用，常用配穴有大肠俞、天枢、三阴交、神阙等。